Cloud Services(PaaS)におけるEclipseでのデプロイするパッケージファイルの作成について

Cloud Services(PaaS)環境でEclipseにAzure Toolkit for Eclipseをインストールを行って開発を行う場合で質問したいことがあります。

Eclipseでパッケージファイル(*.cspkg)を作成するため、ビルドを行ったところストレージアカウントにWarファイルが格納されました。
何故、Warファイルがストレージに格納されたのか、いろいろ確認してみたところ、どうやらEclispeが自動生成するスタートアップタスクのスクリプトでストレージアカウントからWarファイルをダウンロードしており、デプロイ時にスタートアップスクリプトにてWarファイルを配置しているようです。

Eclipseでのビルドではそのような動作のため、以下のような懸念があります。

　・ステージング環境で(何日かかかる)テストを行っている際に、Azureのメンテナンスが発生し、運用環境にテスト中のWarファイルが更新される　
　・Warファイルを格納するストレージの設定に誤りがあった場合に意図しない環境のWarファイルが更新される
　　例）テスト環境と思っていたら本番環境のWarファイルを更新していた・・・とか

そのため、ビルド時にWarファイルをストレージアカウントにアップロードをしたくないため、Warファイルをパッケージファイルに含めてデプロイが行う方法(参考リンクなど)をあれば教えてください。